平成25年から平成49年までの各年分については、復興特別所得税を所得税と併せて申告・納付することとされています。
復興特別所得税は、平成25年から平成49年までの各年分の基準所得金額に2.1%の税率を乗じて計算します。また、平成25年1月1日から平成49年12月31日までの間に生ずる所得については、源泉所得税の徴収の際に復興特別所得税が併せて徴収されます。

基準所得税額とは所得税額から差し引かれる金額を差し引いた後の所得税額をいいます。所得税額から差し引かれる金額には、配当控除、住宅借入金等特別控除、各種寄付金特別控除、災害減免額等があります。

給与等の収入金額から差し引かれる給与所得控除額について、その年中の給与等の収入金額が1,500万円を超える場合には、245万円を上限とすることとされています。

給与所得者の特定支出控除について、次の通り改正が行われています。
●特定支出の範囲に、弁護士、公認会計士、税理士などの資格取得費や勤務必要経費（図書費、衣服費、交際費等で65万円を限度）が追加されています（勤務先によって証明されたものに限ります。）。
●特定支出控除の適用判定の基準が給与所得控除額の2分の1（最高125万円）（平成24年分以前：給与所得控除額の総額）に緩和されます。

特定役員退職手当等の退職所得の金額について、退職手当等の収入金額から退職所得控除額を控除した残額に相当する金額とされています。

特定役員退職手当等とは、役員等として勤続年数が5年以下のである方が支払いを受ける退職金のうち、その役員等としての勤続年数に対応する退職金として支払いを受ける退職金をいいます。

電子証明書等特別控除について、適用期限（平成24年分）のをもって廃止されています。